粱醒 、蔡克男为武术一代宗师，在卧虎藏龙的三元镇开设武馆保芝堂，教授村民强身健体功夫，为村民主持公道，甚得村民敬重。镇上博学文家的文博仁乃状元之后，与妻子马玲珑开设博学书舍，以弘扬儒家思想为己任，也为

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。